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有些神奇寶貝的成長過程中,在特定的條件下,會進化成為另一種神奇寶貝。進化不僅僅是身體上的變化,進化後的神奇寶貝有不同的(常常是更高的)種族值,學會不同的技能,有的甚至還會改變屬性。而神奇寶貝的性格基礎得點顏色異常等狀態則會保留。

山梨博士是研究神奇寶貝進化的權威。根據他的研究,90%的神奇寶貝都和進化相關。山梨博士正在研究進化是否是神奇寶貝成熟的一種形式,以及傳說中的神奇寶貝是否有進化的可能性。